本病并不是因为母亲怀孕时吃了兔子肉、在家里捅过沟渠、在床上裁衣服时用了剪刀，冲撞了“胎神”所致。这种先天性畸形主要是在怀孕第4周到第10周期间，由于某些致病因素导致胎儿面部发育障碍所致。目前医学认为可能的致病因素有：
遗传因素
部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。
感染和损伤
怀孕初期(2个月左右)的母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤可能成为唇腭裂的致病原因。
慢性疾病
母体怀孕期间患有如贫血、糠尿病、严重营养障碍等慢性疾病。
怀孕期间服用某些药物
如镇静药、抗癫痫药及激素类药等。
X线照射
怀孕期间母体接受过大剂量X线照射。
年龄因素
相关资料指出父母双方年龄都偏大，会使胎儿唇腭裂的风险增加。胎儿唇腭裂的风险随父母双方的年龄递增。40岁母亲与30岁母亲相比，胎儿唇腭裂的风险要高20%;而20岁到50岁之间，父亲的年龄每大10岁，胎儿唇腭裂的风险就增加12%。不过，如果父母中有一方极其年轻，这个规律就不再适用。
