1.一般治疗：根据呼吸道感染的隔离情况，保持室内安静，空气新鲜，温度适宜，注意避免诱发患儿痉挛性咳嗽的因素，吃有营养、易消化的食物，注意补充各种维生素和钙质。镇静剂可以减少因恐惧、焦虑、烦躁而诱发的咳嗽，同时保证睡眠。如果咳嗽严重，可使用止咳药，如果痰液粘稠，可使用雾化吸入法。如果出现抽搐，可使用安定、复方氯丙嗪或苯巴比妥来停止休克。如果咳嗽严重，应该有专人守护婴儿。如果是在医院里，就必须要有医生的帮助，否则就会出现严重的后果，比如说，在医院里，就必须要有医生的帮助，否则就会出现严重的后果。
2.抗菌治疗：卡他期应用抗生素可以减轻甚至不发生痉挛性咳嗽，进入痉挛性咳嗽期后，应用抗生素不能缩短百日咳的临床病程。但可缩短排异期，防止继发感染，首选红霉素，百日咳杆菌对红霉素敏感，可渗透到呼吸道分泌物中达到有效浓度，剂量：每日30-50mg/kg，口服或静脉滴注。7-14为一个疗程。近年来，一些新的大环内酯类抗生素如罗红霉素每日5-10mg/kg，分2次口服，7-10天为一个疗程。阿奇霉素每天10mg/kg，分1次口服，3天为一疗程。后两者具有抗菌作用强、胃肠道反应少等优点，可酌情选用。氨苄青霉素的临床疗效较差，氯霉素虽然疗效好，但偶可引起粒细胞减少。
3、并发症的治疗：合并支气管炎或肺炎时给予抗生素治疗，单纯肺不张时可采取体位引流、吸痰、肺部物理治疗等，必要时采用支气管镜检查，排除局部堵塞的分泌物。
合并脑病时，可采用复方氯丙嗪或苯巴比妥钠抗惊厥治疗。出现脑水肿时可以用20%甘露醇1克/千克静脉注射治疗，必要时可静脉注射地塞米松。免疫球蛋白可用于脑病患儿，也可减轻痉挛和咳嗽，含高价抗毒素和特异性免疫球蛋白，剂量为15ml/kg，静脉注射，72小时内有效。
4.中医治疗。中医称百日咳为 "顿咳"、"鹭咳"、"疫咳"。
循证治疗法则：
（1）咳嗽初期（外感风热）：宜祛风热，化痰降气。咳嗽初期（外感风热）：宜祛风除湿，化痰下气。秦淮河畔，有一个小村庄，那里有一个小村庄，那里有一个小村庄，那里有一个小村庄，那里有一个小村庄，那里有一个小村庄。
（2）痉挛性咳嗽阶段（痰热闭肺）：宜清热化痰，清肺降逆。常用的方法有：麻黄、石膏、杏仁、甘草、竹茹、半夏、陈皮、刺猬、茯苓、桑皮、地骨皮。如汗多、热多，重用生石膏、黄芩、知母。眼睛出血者，加青黛、白茅根、玄参。痰多粘稠者，加天竺黄、海浮石。
（3）恢复期（肺脾两虚）：宜益气养阴，补肺健脾。用人参、五味子汤加减：人参、白术、茯苓、甘草、麦冬、五味子。如果气虚为主，可加黄芪、生牡蛎。如咳嗽仍重，加当归、紫苑、地骨皮、川贝。
5.急救措施
抽搐时可用安定、复方氯丙嗪或苯巴比妥等药物止抽搐，痉挛性咳嗽和痰液阻塞窒息时，立即吸痰或人工辅助呼吸。
