1、石菖蒲全株有毒，尤其是其根茎的毒性最大，如果过量服用石菖蒲容易使人产生幻觉。 所以，我们在使用石菖蒲的时候，一定要注意它的安全性，不要让它成为 "毒药"，因为它的毒性是很强的，如果过量使用石菖蒲，很容易使人产生幻觉。
2、菖蒲的副作用，不宜过量服用，在一些古籍中也有记载，如《本草纲目》就记载到 "龙胆草、秦皮为使，恶地胆、麻黄。"日华子本草》中也记载："忌糖浆、羊肉。忌得罪铁，人呕吐"。在《日华子本草》中还记载了 "忌糖浆和羊肉"，"忌得罪铁，人呕吐"。
3、菖蒲挥发油中含有细辛醚、樟脑、菖蒲醚等，具有兴奋脊髓神经的作用。服用石菖蒲中毒，一般会出现抽搐、惊厥等不良反应，外界刺激更容易诱发和加剧，最后死于强直性惊厥。而中毒后的治疗和缓解方法一般是催吐、导尿、洗胃、静脉输液、皮下注射麻黄素等。
4、现代药理研究证明，石菖蒲有镇静作用，能促进消化液的分泌，阻止胃肠的异常发酵，寒化肠管平滑肌的痉挛。但现代市场上出现了假冒伪劣产品，消费者在购买时一定要注意分辨石菖蒲的真假，假冒伪劣产品与真品不是同科植物，也不具备真品的功效，滥用假冒伪劣产品会耽误治疗，危害健康，所以切记要谨慎。
5、临床试验表明，石菖蒲有毒副作用。将石菖蒲挥发油注入小鼠体内，中毒表现为间歇性抽搐，待数小时后小鼠强直性抽搐死亡，说明石菖蒲挥发油的中毒主要是脊髓兴奋。还有将石菖蒲水煎液注入小鼠腹腔，不久后小鼠出现中毒症状，表现为呼吸困难、阵挛性抽搐。
