美容剂量的肉毒杆菌毒素注射是非常安全的，不良反应很少，一般是温和的和短暂的。临床上有一些由肉毒杆菌毒素引起的不可逆的不良反应，但未见报道。目前的研究表明，肉毒杆菌毒素引起的不良反应或并发症往往是由于不正确的注射方法，或肉毒杆菌毒素的局部散布所致。因此，预防并发症的发生，应提高注射技术和精确度，并尽可能地将其作用限制在目标部位。
1、注射反应。注射本身有可能引起不良反应，包括发红、疼痛、红斑、肿胀、瘀伤等。注射前的表面麻醉，使用小的注射针头，以及注射后的冷敷可以大大减少这种不良反应。
2.特异性反应。注射肉毒杆菌也可能导致特异性反应，包括头痛、感冒症状、恶心、皮疹、瘙痒、过敏反应等，这些反应通常可以自行痊愈。
3、眉毛下垂。这是额部除皱注射中最重要的不良反应，对于上睑已经有皮肤松弛的老年患者来说，由于眉毛下垂，会导致假性高血压，上睑难以睁开。防止这种情况的方法是注意不要在眉弓上方两厘米处的额肌注射。
4.上眼睑下垂。通常继发于额肌或皱眉肌注射，肉毒杆菌毒素向下扩散到眼眶，导致上睑肌麻痹。如果发生眼睑下垂，通常只能等待其自行恢复。用α-肾上腺素能激动剂滴剂治疗可以刺激穆勒氏肌，使眼睑裂缝增大2-3小时。在上睑周围注射时，需要避免药物过度扩散，还要注意不要按摩注射区。
5.斜视和复视。眼周肉毒杆菌素注射由于药物散布到眼眶，会导致眼外肌麻痹。预防方法是在注射时用辅助手压迫眼眶边缘，以防止药物散失。
6.眼睑闭合不全。下睑退缩。这是由注射肉毒杆菌引起的眼轮匝肌麻痹造成的。适应症需要明智地选择。下睑注射不适合皮肤过于松弛的患者，以及做过下睑手术的患者，或者下睑弹性差的患者，尽量避免在下睑板部分的眼轮匝肌内注射。
7.表情僵硬多是由于肉毒杆菌素累及脸部中间，也就是表情肌集中的地方造成的。如果将肉毒杆菌素直接注射到面部中间，或将药物扩散到面部中间（如鱼尾纹注射位置过低，咬肌注射位置过浅），都会引起面部僵硬。预防是减少肉毒杆菌毒素在面部中间的注射量，或将药物扩散到面部中间（如鱼尾纹注射位置过低，咬肌注射位置过浅）。预防方法是减少肉毒杆菌毒素的用量，在皮下浅层注射，双侧对称注射，使用小剂量。
其他
1.长期使用。对大量数据的分析表明，长期使用肉毒杆菌毒素并不会导致明显的不良反应，个别患者会出现局灶性肌无力。
2.综合应用。除了简单的动态皱纹外，面部的许多衰老表现需要联合其他治疗，包括：皮肤填充物脂肪移植、激光光疗和手术治疗。在肉毒杆菌注射与其他治疗的联合应用中，需要注意避免其他治疗促进肉毒杆菌的分散，并注意顺序，或避免在同一天进行联合治疗。
