1.直接损害和免疫。肺炎支原体可产生细胞毒素，感染后机体产生强烈的免疫反应，IgM抗体滴度持续升高，在短时间内迅速出现通气/换气障碍、呼吸衰竭和全身炎症反应综合征。
2.粘液-纤毛系统的损害。难治性支原体肺炎患儿腺体增生，形成粘膜突起，粘液栓充血，加上支原体感染可引起支气管上皮细胞脱落和纤毛破坏，造成粘液-纤毛系统的损伤，导致后期痰液粘稠，不易咳出，形成无痰状态。
3、耐药性的产生：支原体对红霉素以及四环素耐药菌株的出现可能导致疗效不佳，但目前糖皮质激素可以促使难治性支原体肺炎患儿体温正常下降，肺部炎症吸收。
4.混合感染。肺炎支原体感染与细菌、病毒感染混合或感染，可直接影响患儿的细胞免疫功能，使机体抗感染能力下降，条件致病菌趁虚而入。
5.延迟诊断和治疗。在一般抗感染治疗无效的情况下，支原体肺炎的诊断和治疗不能及时调整，单纯应用青霉素类、头孢类或抗生素，使病情延误。
