（一）全身和尿外结核状况 肾结核患者如果全身状况良好，尿外结核轻度稳定，则肾结核治疗效果较好。如果全身情况较差，其他器官有严重的结核病，则肾结核的术后死亡率会明显升高。
（二）有无膀胱结核及结核病变的严重程度 膀胱结核的严重程度对预后有很大影响。如果在膀胱受病变影响之前切除肾脏，或在早期输尿管梗阻的情况下，患者可以完全康复，不留任何泌尿系统后遗症或恶病质。据上海中山医院对207例肾结核肾切除术的随访，肾切除术前有膀胱结核性炎症的，术后1年内有68。7%的结果是满意的，而术后1-6年的炎症已达到53.6%的情况是不满意的。这说明结核性膀胱炎的病程与预后也有很大关系。事实上，炎症的持续时间表明炎症进入膀胱壁的深度，代表着膀胱挛缩的机会。
（三）对侧肾脏的存在和功能 结核病肾切除术患者的对侧肾脏状况对预后至关重要。在应用抗结核药物前的一组1131例肾切除病例中，对侧肾脏尿液镜检正常者65.2%治愈，20.3%在5年内死亡；75.对侧肾脏结核分枝杆菌动物接种阴性者，2%治愈，13.3%在5年内死亡；对侧肾脏结核分枝杆菌尿液阳性者，21.8%治愈，41.8%在5年内死亡。应用抗结核药物后，情况完全改变，双侧肾结核病例的死亡率在5年内由80%降至8%。
（四）治疗时机和正确性 随着抗结核药物的不断发展，肾结核的治疗原则发生了明显变化，大多数病例通过药物治疗可以治愈。早期诊断和及时、明确的治疗是治疗肾结核的关键。治疗措施必须根据具体情况而定，才能取得良好效果。许多学者认为，早期泌尿系统结核很少有长期使用抗结核药物不能治愈的病例。国外对泌尿系统结核病患者进行手术治疗的情况很少，甚至有人认为药物治疗可以代替手术。然而，这种观点是不恰当的。在某些情况下，如无功能的肾脏或功能很差的一侧肾脏，或一些血流不畅、闭塞的空腔，或抗结核药物无法进入的严重破坏的广泛病变，都需要进行手术治疗。特别是要掌握结核性膀胱炎程度较轻，炎症时间较短的情况，对于结核性肾脏及时进行手术治疗可取得满意效果。对于肾结核晚期并发症的病例，也有必要进行手术治疗。
