肠功能障碍可由于解剖组织、消化吸收和屏障功能受损等引发，故处理上也可以概括为营养代谢治疗、维护肠屏障功能和消化道解剖功能重建。
临床营养支持被誉为20世纪后1/4世纪医学上的一大进展。当肠功能发生障碍时，消化吸收功能有明显减退或完全丧失，导致机体的营养缺乏。无疑，营养支持对肠功能障碍是一项不可少的治疗措施。20世纪70年代以前，当肠消化吸收面积不足时，缺乏有效的营养补充方法，小肠短于50cm者难以存活。1968年，由Dudrick和Wilmore 倡导用腔静脉置管输注营养液。1970年，太空饮食(要素膳)应用于临床后，改变了以往病人因胃肠功能障碍而无法供给营养的状况，带动了病人代谢改 变的研究，改善了危重症病人的营养状况，提高了危重病的治愈率，促进了病人的康复。70年代后，全静脉营养成功地应用于临床，改善了短肠综合征病人的预后。当时全静脉营养有“人工胃肠”(artificial gut)之称。现在，对肠道功能有较全面的了解，认为“人工胃肠”一词有过誉之处，不再被应用。但肠外营养对肠粘膜吸收消化面积减少的病人，的确仍是一个有效的措施，维持了那些病人的营养，延长了生命。正是由于它的有效，第七届国际小肠移植会议提出了对肠衰竭病人首选肠外营养的建议。为了便于短肠综合征等肠吸收不良病人长期应用肠外营养，而提出了家庭营养支持的方法。遗憾的是长期肠外营养的病人可出现某些代谢并发症，如肝功能损害、骨质疏松等。
经半个世纪的临床应用，证实肠外营养(PN)支持能在病人胃肠道无功能或有障碍时，提供病人能赖以维持生命的所需营养，如超短肠(<30cm)的病人。实践证明，肠内营养(EN)支持能改善门静脉系统循环，有利于恢复肠蠕动、维护肠屏障功能、改善肝胆功能、促进蛋白质合成、肠襻组织的康复、免疫功能的调控，特别是维护肠屏障功能，弥补了PN支持的不足。
EN有助于维持肠黏膜细胞结构和功能的完整性，支持肠道黏膜屏障，能明显减少肠源性感染的发生，其作用机制包括：①维持肠黏膜细胞的正常结构、细胞间连接和绒毛高度，保持黏膜的机械屏障；②维持肠道固有菌群的正常生长，保持黏膜的生物屏障；③有助于肠道细胞正常分泌IgA，保持黏膜的免疫屏障；④刺激胃酸和胃蛋白酶分泌，保持黏膜的化学屏障； ⑤刺激消化液和胃肠道激素的分泌，促进胆囊收缩、胃肠蠕动，增加内脏血流,使代谢更符合生理过程，从而减少了肝、胆并发症的发生率。尤其是当病情危重时，机体免疫功能下降，肠道低血流状态导致肠黏膜营养性损害，同时危重状态下代谢受损，TPN易使代谢偏离生理过程，代谢并发症增加。此时，EN显得尤为重要。
近40年中，营养支持途径的选择大约可分为四阶段，每10 年更改一次。20世纪70 年代，“当病人需要营养支持时，首选静脉营养”；20世纪80年代，“当病人需要营养支持时，首选周围静脉营养”；20世纪90年代，“当肠道有功能，且能安全使用时，使用它”；当前，“应用全营养支持，首选肠内营养，必要时肠内与肠外营养联合应用”。 PN与EN各有优缺点，在临床应用时，常常两者兼用，互补不足。
损害肠粘膜屏障的最主要因素是肠粘膜的供血与供氧不足。导致肠粘膜细胞萎缩、凋亡，细胞间紧密部松弛、通透性(permeability)增加，为肠内细菌、内毒素提供了通道，同时免疫屏障也遭到破坏。因此，为维护肠粘膜屏障功能，首先是要调控整个机体的循环与供氧。当机体处于应激状态时，肠道的血供呈生理性的减少，供氧亦受限。待机体复苏后，肠道血循环的恢复常滞后于全身循环的恢复。肠粘膜血供不足的时间越长，越加重肠粘膜屏障功能的损害。因此，复苏后应注意促进肠粘膜功能的恢复。肠粘膜细胞的增长需要与食糜直接接触。这是早期给予肠内营养的一个重要依据。“早期”标准是什么？从理论上讲，应是事件发生后即开始灌食。这在动物实验中可以实现。模型制成后即可开始肠内营养，在临床，有于手术后6h即开始肠内灌注者。这些都是有准备性的处理，而病人的疾病、创伤都是在无准备的条件下发生。至接受医疗处理常有一定的时间差距。同时，机体处于应激状态时，常有呼吸、循环障碍，也有内稳态失常，有时肠功能已发生障碍，意欲给予肠内营养也难以成功。经过多年的临床实践，危重病人的肠内营养多在接受医疗处理24~48h后，呼吸、循环紊乱已经得到纠正，内稳态已进入稳定状态时给予。
谷氨酰胺是一个组织特需氨基酸(tissue specific amino acid)，为生长迅速的细胞所特需。肠粘膜细胞需要谷氨酰胺作为它的主要能量。因此，营养物质中应添加谷氨酰胺以促进肠粘膜细胞的生长。谷氨酰胺是一种非必需氨基酸，它的溶解度低，溶液不稳定，易于水解，故在常用的肠内、肠外营养制剂中不含有谷氨酰胺。实验证明，在腹腔感染大鼠模型，谷胺酰胺能促进肠粘膜细胞的增生，有效地维持肠粘膜的通透性，有利于维护肠粘膜屏障功能。至于谷氨酰胺从肠道灌注或是谷氨酰胺双肽从肠外途径给予的效果尚有不同认识。有人认为从肠道给予效果不佳，也有人认为在给予肠道营养时，无需从静脉给予谷氨酰胺。我们的动物实验结果说明，从肠道给予谷氨酰胺确有促进肠粘膜细胞增生的效果。
在膳食中，水溶性和非水溶性纤维对小肠、结肠的黏膜生长和细胞增殖均有刺激和促进作用，但不同的膳食纤维对肠道的形态结构、胃肠道蠕动和营养素吸收，起着不同的作用。非水溶性纤维(纤维素)可增加粪便容积，促进肠道蠕动；而特异性水溶性纤维(如果胶)则可延缓胃排空，减慢肠道运送食物时间，因而具有抗腹泻作用。可酵解的水溶性纤维(非淀粉多糖)可被厌氧菌分解代谢，产生短链脂肪酸(SCFA)。SCFA(乙酸、丙酸、丁酸)易于被结肠黏膜吸收，作为能量被利用，并且对小肠和结肠黏膜均有营养刺激作用，促进肠黏膜细胞增生，特别是结肠对水和钠的吸收。
肠屏障除粘膜屏障外，还有免疫屏障及生物屏障。生物屏障包含胃肠道的生理性分泌(胃肠液,如粘液)，与肠道内的原藉菌。肠粘液可包裹细菌、毒素。胃液的高酸度是一种有效的生理杀菌剂。肠道原藉菌除具有对人体的生理功能外，对致病菌也有制约作用。因此，在维护肠道粘膜屏障功能的同时!也必须注重维护其他屏障作用，不要人为地抑制、减少胃液的产生与量。不要滥用抗生素扰乱肠内细菌的生态平衡。危重病人后期发生真菌感染，不少是源于肠道细菌生态失衡，肠粘膜屏障障碍所致。
胃肠道的重建在外科手术方面有各种各样的方法，并也都取得满意的效果。目前，微创技术更符合生物学的要求。正如其他器官那样，当肠功能不可逆转时，肠移植是一个合理的治疗措施。主要的适应证是短肠综合征、先天性畸形和多器官联合移植。小肠移植的发展较其他实质器官移植缓慢。在20世纪70年代前，曾寄希望于PN，以为PN支持能提供营养，从而维持病人的生命。但长期PN带来了肝功能严重损害和骨质疏松症等严重并发症，以致肝也不得不进行移植。于是肠移植又引起重视，但因此而耽误约15年的时间。直至1988年始方有临床移植成功的病例。但由于小肠淋巴细胞多，肠腔内有大量细菌，肠功能多又复杂，导致肠移植的排斥率高、感染重，功能恢复差，总的失败率高。1年存活率为70 ％ ，3年为60 ％ ，5年为45 ％。从 1985 至2005年的 20 年间，全世界注册的小肠移植病人仅为 1,210例。近年来，肠移植技术不断进步，尤其是诱导免疫抑制方法的改善，使成功率有所提高。选择小肠移植适应证的原则已由“肠衰竭病人能耐受营养支持者，首选营养支持，不能耐受营养支持，病 情继续恶化者，选择肠移植或肝肠联合移植 ”转变为“不可逆的肠衰竭病人应尽早行小肠移植，无论是小肠移植的费用还是手术效果，均优于出现肝衰竭后再行小肠移植 ”。
肠功能障碍是临床常见的一种器官障碍，营养支持的发展帮助解决了营养不足的问题，也有利于肠粘膜屏障功能的维护。但是，对肠功能障碍的认识与维护还有待深入的研究，取得更有效的措施。同时，怎样评定肠功能，筛选有效监测指标，还需要有更多的临床研究。
