慢性便秘有功能性和器质性病因。器质性病因可以由胃肠道疾病、累及消化道的系统性疾病如糖尿病、硬皮病、神经系统疾病等，许多药物也可以引起便秘；具体如下：
1、肠管器质性病变如肿瘤、炎症或其他原因引起的肠腔狭窄或梗阻。
2、直肠、肛门病变：直肠内脱垂、痔病、直肠前膨出、耻骨直肠肌肥厚、耻直分离、盆底病等。
3、内分泌或代谢性疾病：如糖尿病肠病、甲状腺功能低下、甲状旁腺疾病等。
4、神经系统疾病：如中枢性脑部疾患、脑卒中、多发硬化、脊髓损伤以及周围神经病变。
5、肠管平滑肌或神经元性病变。
6、结肠神经肌肉病变：假性肠梗阻、先天性巨结肠、巨直肠等。
7、精神及心理障碍。
8、药物性因素：铝抗酸剂、铁剂、阿片类、抗抑郁剂、抗帕金森氏病药、钙通道拮抗剂、利尿剂以及抗组胺药等。
