主要原因是。
1 复杂的结石，如鹿角形肾结石或多发性肾结石，这些结石体积大，数量多，有的还很硬，在保证病人安全的情况下，无法在这么多的时间内取出，只能分多次手术取出
2 肾脏结构的复杂畸形。如以前做过肾切除手术的肾脏、马蹄形肾脏、合并 在肾脏有大量的花萼和拉长的花萼的情况下，往往很难一次性取出结石，需要多手操作，可能需要多个 "洞"
3 术中出血 出血的原因包括病人本身的体质。肾脏是一个 "独居 "的肾脏（一个肾脏）。"
4 尿路感染：术中发现肾脏积脓，需先排脓，分次取石；或术中出现尿毒症，需中止手术，控制感染。术后再进行二次手术取石
5 结石移位 手术中结石破碎后，部分碎片会四处移动，有时会移动到镜子中看不到的地方，导致结石不能一次取出
6 与医生的技术操作有关，如果医生技术不过关，可能连打孔都不成功，或者打孔的位置选择不当，找不到结石，或者只能找到一小部分结石。
综上所述，一次手术取石不干净的原因有客观因素：与患者自身结石情况、肾脏形态、身体状况有关，也与外科医生技术水平的主观因素密切相关。客观因素与患者自身的结石情况、肾脏形态、身体状况有关，也与外科医生的技术水平这一主观因素密切相关。客观因素是客观存在的，往往难以改变，这就要求外科医生不断提高自己的技术水平，在保证病人生命安全和保护肾脏功能的前提下，尽可能多地取出结石。
