1.遗传因素
（1）胚胎/胎儿染色体异常是导致胎儿流产的最常见原因。
在60%以上的流产或停育的胚胎中可以检测到各种类型的染色体异常，特别是在80%以上的孕囊形态异常的停育/流产胚胎中；即使在孕囊形态正常的流产/停育胚胎中，也有约25%的流产/停育胚胎发现染色体异常。研究发现，流产/停产的时间越早，染色体异常的比率越高。
（2）配偶一方（父母一代）的染色体易位或倒置导致胎儿的染色体异常，这反过来又阻止了发育。
有胎儿停育史的夫妇通常有平衡染色体易位、玫瑰色易位和倒位。
父母染色体易位对遗传生殖有严重的不利影响：如果配偶一方是染色体易位的携带者，后代有1/18的机会是染色体正常，1/18是染色体易位的携带者，剩下的16/18是不平衡的异常，常常导致出生缺陷或死亡。
父母染色体罗氏易位的遗传咨询。如果配偶一方是染色体罗氏易位的携带者，其后代有1/6的正常染色体，1/6的染色体罗氏易位携带者，其余4/6为不平衡的异常，表现为发育缺陷或死亡。
父母染色体倒置携带者：他们的后代有1/4的正常染色体，1/4的染色体倒置携带者，还有2/4的不平衡异常。
（3）基因突变与胎儿流产
有些基因在流产过程中起到促进流产发生的作用，称为流产易感基因；有些基因能防止流产的发生，对维持妊娠起到保护作用。此外，胎儿纯合基因的突变或复合杂合基因的突变可导致胎儿发育异常甚至死亡。
2.母体因素
（1）母体慢性疾病、生殖道感染和营养不良可导致流产。
尤其是TORCH感染、弓形虫感染、风疹病毒感染、巨细胞病毒感染、单纯疱疹病毒感染、支原体和衣原体感染，可通过垂直感染导致胎儿发育异常。
（2）生殖器官的解剖异常：如子宫畸形、宫腔粘连、子宫肌瘤、子宫息肉、子宫腺肌症、宫颈机能不全。
（3）凝血功能异常：微血栓症。
（4）内分泌因素：黄体功能异常、胎盘功能异常、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症、甲状腺疾病、糖尿病。
3、父方因素
男方患有全身性慢性疾病，感染病原微生物，精液异常，不良生活习惯，接触职业因素，产生抗精子抗体。
4.免疫学因素
引起胎儿流产的免疫学因素包括ABO/RH母子血型不相容、母体排斥反应、
阻断抗体缺乏、抗磷脂抗体综合征、细胞毒作用和补体系统活性增强。
5.心理因素
孕妇或育龄妇女因焦虑、抑郁、自卑、内疚、自闭、悲观、失眠等不良情绪，导致身体机能低下，最好引起免疫功能紊乱，最后导致胎儿发育异常。
