胆囊结石的发病是多因素的。胆汁是一个复杂的含水的胶体系统，对实行正常的生理功能是必不可少的，包括脂质的排泄。胆汁形成主要是在肝脏毛细胆管，它是肝细胞的紧密连接处形成的小(1-2微米)空间。胆汁是由水，电解质和多种脂质溶质形成的复合物，包括胆盐，磷脂( > 96%为混合卵磷脂)，和胆固醇，以及蛋白质与结合胆红素。磷脂和胆盐使胆固醇溶解于水溶液中，以利于胆汁从胆道系统流入消化道。在健康人，分泌的胆汁的大约一半，于消化间期在胆囊内储存，浓缩，微酸化。改变胆固醇、磷脂、和胆盐的相对或绝对的比例，导致胆固醇过饱和并使胆固醇从胆汁溶液中相分离。最常见的变化是肝脏分泌过多的胆固醇。过多的胆固醇与胆汁磷脂形成单层簿片。这些单层簿片在适当的物理化学条件，可以聚集形成多层簿片，最终以胆固醇水合物晶体泄出并聚集在胆囊内。当这些晶体与胆囊分泌的粘液凝胶聚集后即形成胆囊胆固醇结石。大部分胆固醇结石在胆囊中形成。在罕见的情况下，如胆道磷脂分泌的遗传性缺陷，则结石可以在胆道的任何部位形成。
肥胖的人患有高胆固醇的机率要高，即所谓的代谢综合症。自然胆汁中排泄的胆固醇含量也相对较高，因此代谢综合症的人患胆结石的机率也就高。统计的结果发现代谢综合症的人患胆结石的机率是无代谢综合症的人群的4倍左右。
那为什么瘦的人也得胆结石呢?大致的原因如下：
1， 因为减肥突然瘦下来，大量的体内储存的胆固醇集中从胆汁中排出，使得胆汁中胆固醇浓度突然升高，并沉淀成胆结石。因此，减肥也要慢慢来。
2， 胆囊内细菌或病毒感染引起的炎症也是胆结石的原因之一。最常见的是幽门螺杆菌感染可能是部分胆结石的起始原因。因此，上腹不舒服要查一下幽门螺杆菌。如果有感染要及时清除。
3， 胆囊内的胆汁是不断更新的。当不吃饭时肝藏产生的胆汁存于胆囊内，并慢慢浓缩。吃饭时胆囊排空，将胆汁与食物混合帮助消化。排空的胆囊将再次收藏肝脏产生的胆汁供下次吃饭时再用。如果长期不吃早饭，那么长期夜间浓缩的胆汁不排出，久而久之小的沉淀堆积成结石。因此，不吃早餐不是好习惯。另外，长期不吃饭，用静脉营养的重病患者也会有胆汁淤积，并发胆结石。
4， 我们也经常见到，胆囊结构异常不利于正常胆囊的排空，久而久之小的沉淀堆积成结石。这种情况一般也不宜用保胆取石的方法治疗。
5， 有的药物也能诱发胆囊结石。比如长期使用头孢曲松可以引起胆汁郁积，并发结石。治疗用药生长抑素及其类似物可以同时抑制胆囊排空，诱发结石。因此用此类药物的患者要主要并发胆结石。
6， 很多遗传性疾病常常合并胆结石，如高雪氏病，地中海贫血，生长抑素产生多的综合症和疾病，都会使得胆囊内胆汁成分变化，脂质或胆红素过高，或胆囊排空障碍引起胆结石。这种情况，治疗胆结石仅仅是指标，原发疾病要认真治疗。
