原因一、潜伏隐匿感染。部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状尿道炎复发。
原因二、致病菌耐药。由于发病初期治疗不规范，盲目用药、破坏内部环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的尿道炎发生。
原因三、隐深部位的感染。由于致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝，尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。同时急性尿道炎有可能伴发前列腺炎，当尿道炎治疗后，可因来自前列腺的感染而复发。
原因四、性伴侣为治疗。患者的症状持续存在，或症状消失后又复发，最可能是性伴侣未治疗。未经治愈与性伴侣性交，病菌由未经治疗的性伴侣再次传给患者。有40%的非淋菌性尿道炎患者是没有任何症状。所以不但患者本身要治疗，其性伴侣也应接受预防性的药物治疗。
原因五、并发症的影响。如若病情反复，长期性的损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形影响了正常的尿液引流和治疗，都给尿道炎的治疗带来影响，使传统药物的治疗疗效不佳，治疗更加困难。
原因六、自身免疫力低下。同时有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其它慢性疾病，对尿道炎的治疗也造成很多困难。
