1. 病因不同：只有为人类乳头瘤病毒感染跖部皮肤黏膜引起发病，属于病毒性皮肤病;鸡眼是由于长期机械刺激引起角质层增生而发病，属于物理性皮肤病。
2. 发病部位不同：跖疣只于足跖部;鸡眼多发生于足跖前中部、小指外侧或拇指内侧缘，也可见于足背及足跟，偶见于手部。
3. 皮损不同：跖疣为黄豆大小或更大圆形或椭圆形灰黄角化斑块，表面粗糙无纹，界限清楚，边缘绕以稍高的角质环，中央凹陷;鸡眼为豌豆大小淡黄色角质增生，呈圆形，表面光滑，与皮面平或稍隆起，境界清楚，酷似鸡的眼睛。如果通过以上三个方面还区分不清，还有一个简易的方法：取一次性手术刀片，在皮损处常规消毒，轻轻片去皮损角质层，如果发现出现有黑色小点或是点状出血，一定为跖疣。如果只见到边界清楚稍透明的淡黄色角质增生，则为鸡眼。
4. 传染性不同：鸡眼不传染，跖疣具有较强的传染性。对于跖疣的治疗，医院皮肤科采用微波和激光治疗，对于一些难治性和复发性的疣采用同位素敷贴治疗。
