小儿疱疹性咽峡炎，根据急性 发热 起病，口腔有丘疹水疱性损害及培养出 柯萨 奇或埃可病毒即可诊断。它与一些口腔有水疱的病毒性疾病鉴别。小儿疱疹性咽峡炎的鉴别诊断包括疱疹性口腔炎(特点为任何一直季节均可发病，呈现更大的持续更久的溃疡)。复发多啦性口疮和Bednar口疮(很少发生于咽部，一般无全身症状)柯萨奇A组型病毒也会引起类似病变(淋巴结性 咽炎 )。但口咽部损害突出，呈现白色到黄色小结。
小儿疱疹性咽峡炎的检查：临床表现为不同程度的发热，咽痛，重者影响吞咽功能，但不影响发声。患儿可伴 恶心 、 呕吐 与 咳嗽 等症状。查体可见咽部 出血 ，有数个灰白色的小疱疹，直径约为1~2cm，周围有红晕。疱疹多分散存在，主要分布于咽腭弓边缘。疱疹可破溃，破溃后形成黄色溃疡。根据查体所见，诊断小儿疱疹性咽炎并不十分困难，难在疱疹未显现之前易被误诊为普通 感冒 或咽炎，对此要提高警惕，加强观察。可根据症状和特征性口腔损害作明确出诊断。最好通过从损害处分离到病毒或通过特征性抗体滴度升高加以证实。但这些监督检查并不推荐常规采用。
