(1)年龄：患者的年龄很重要，对于青春期前的儿童或是绝经后的妇女，卵巢上存在一个囊肿多数是异常的，如果是实性或囊实性，肿瘤的可能性就很大，需要手术来处理。但对于近青春期或刚绝经的妇女，小的囊肿也可能是发育的卵泡。
(2)囊肿性质：B超对于诊断很有帮助。对于超声提示囊肿为无回声且没有分隔的直径小于5cm囊肿，可以先观察3个月，3个月后重复超声检查;直径大于5cm，可观察一段时间，如持续存在或腹痛怀疑扭转，建议手术。对于囊内点状回声且伴有痛经患者，多考虑为子宫内膜异位囊肿(巧克力囊肿)，可根据大小和有无生育要求等决定观察、手术或药物治疗。对于囊实性、实性或合并腹水、CA125升高患者则要小心卵巢恶性肿瘤可能，建议尽早手术。
怀疑生理性囊肿，可观察1-3月，也可以用避孕药抑制后观察囊肿是否消失，一般不需治疗。
病理性囊肿多建议手术治疗，良性疾病多选用腹腔镜手术，创伤较小，恢复快。
绝经后卵巢囊肿持续存在多建议手术治疗。
