目前帕金森病的外科手术方法有三种，即神经核团毁损术，脑深部电刺激术、干细胞移植和基因治疗。
1、神经核团毁损术
神经核团毁损术是指通过立体定向手术，破坏脑内功能异常兴奋核团来控制帕金森运动症状。破坏的方法通常为射频热凝毁损，伽马刀照射不能在术中验证手术部位的电生理特征，手术精确性降低，容易导致偏瘫，偏盲等并发症，而且起效慢，不建议使用。
苍白球毁损术能够显著改善帕金森病的震颤、肌僵直和动作迟缓，以及药物引起的异动症等，是最常用的治疗帕金森病的毁损手术。但对帕金森病患者的言语、认知功能、自主神经功能及步态障碍等中线症状效果较差，对控制震颤稍逊于丘脑Vim核毁损。虽然其具有潜在的手术风险，长期疗效可能减退及不能双侧手术的缺陷。
但毁损手术费用便宜、对某些帕金森病症状有很好的疗效，但毁损术是一种破坏性手术，部分病人远期效果不尽人意，毁损术不适宜双侧大脑同时手术，术后大多数病人出现讲话声音降低、吞咽缓慢、流口水、乏力等症状；而双侧丘脑手术认知障碍、平衡障碍的并发症高达40％。即使分期对侧不对称靶点的毁损手术，其智能也可能有一定的损害，表现为反应迟钝和近记忆力差，有相当一部分患者有大小便失禁的并发症。因此毁损术存在明显不足之处，双侧毁损术更不易提倡，目前国外已很少施行这种手术。
2、脑深部电刺激术
脑深部电刺激术利用立体定向技术，把刺激电极植入大脑特定部位，通过慢性高频电刺激抑制异常电活动的神经元,根据不同的临床症状以及疾病病情变化，可以通过调控脑深部电极的刺激触点，输出的电流、电压、频率等多个因素来调节，来达到最佳治疗效果。
相对于毁损手术，脑深部电刺激的优点体现在：
（1）对脑组织非破坏性影响；
（2）可调节；
（3）副作用可逆；
（4）可重复开-关，以利精确评估治疗效果；
（5）双侧手术安全；
（6）保留了今后接受其他新治疗方法的可能性。
理想的脑深部电刺激可能达到下列效果：
（1）在电刺激状态下，患者关期的运动功能类似术前药物“开”期的最佳状态;
（2）“关”期减少；
（3）异动症及运动波动减少；
（4）主要的帕金森病运动症状震颤、僵直、运动迟缓明显改善；
（5）可以控制双侧症状，尤其是起立、开步、转身及翻身等中线症症
（6）“开”期可以改善的语言障碍DBS术后可获改善；
（7）轻度的姿势不稳可以改善，但严重平衡障碍难以改善。
DBS术后管理是治疗的重要组成部分，有时甚至能决定是否能够达到最佳治疗效果，且术后管理的过程远远长于手术植入的过程，患者需要有足够的耐心。DBS术后管理通常由神经内科/运动障碍病专科医生会同手术的功能神经外科医生共同负责，因为术后管理包括内科及外科两方面的内容。
它具体包括:
（1）术后程控：因为电极植入产生的微毁损效果使患者在术后3-5天在未刺激时也表现出运动症状显着改善，所以通常在1周后开始首次程控。程控通常在药物“关”状态下进行，包括选择最佳刺激电极触点、评价刺激效果、评价副作用、明确治疗窗及设定刺激参数（分别在药物“关”期及“开”期）；
（2）药物调整：通常在刺激“开”时进行，不同的病人及不同的刺激部位（GPi或STN）都不完全相同。在STN DBS的病人常常可以减少左旋多巴用量，少数年轻患者甚至可以完全停药，平均减少50％，而GPi DBS的病人就很少能够减药。左旋多巴类药物应逐渐减少，用对于长期、大剂量服用左旋多巴治疗的患者应避免突然停药，因为可能产生运动不能危象。另外必须注意药物减少过程中出现的非运动症状如淡漠(快感缺乏，意志力缺乏)甚至抑郁。
（3）DBS术后病人教育：术后病人的程控在数月至一年中需反复多次进行，以便使刺激达到最佳状态，同药物的协同治疗趋于完美。
脑起搏器治疗的不足之处是费用较高，脉冲发生器电池一般只能用3～6年，电量耗竭时需要更换胸部脉冲发生器。另外DBS装置在某些病人可能产生感染、排斥或皮肤坏死，一旦伤口出现红肿或破溃，立即回访手术医生，必要时要取出整套植入系统。
3、基因治疗和干细胞移植术
尽管目前临床应用的帕金森病药物治疗和手术治疗方法很多，但还都是针对症状的治疗，并不能阻止疾病的进展，我们寄希望于能够达到神经功能修复的帕金森病基因治疗和干细胞移植的研究和发展。
所谓的基因治疗就是用特定的方法是有缺陷的基因恢复正常，帕金森病与许多基因的功能缺陷有关，是一种较为适合基因治疗的疾病。目前帕金森病的基因治疗策略主要包括：
1、神经保护：通过抑制细胞凋亡、营养保护细胞、清除自由基等神经保护方法，减少帕金森病患者脑内多巴胺能神经元的缺失和凋亡，使黑质多巴胺能神经细胞的缺失比例在80％一下，避免出现临床症状；
2、神经修复：通过增强脑内多巴胺的合成以及外源性补充替代多巴胺能神经元对黑质及其周围微环境进行恢复重建；
3、功能重建：通过立体定向技术将基因修饰物直接注射到基底节环路，调整神经环路上输入、输出部位的兴奋性状态，重建环路功能平衡。
由于可供选择的移植基因很多，不同策略的基因联合移植帕金森病是目前的发展方向，载体的选择向安全、有效、转染率高的方向努力，对靶细胞更倾向于临床试验的应用。如果基因治疗取得突破，也许帕金森病会成为可以治愈的疾病。
干细胞移植要确保移植物有一定的存活时间和移植物本身的安全性，延长移植物的存活时间，确保存活后能够正常地分泌神经递质是移植治疗帕金森病必须面对的问题。
