治疗灰指甲的方法很多，可以外涂药，可以内服药，还可以外科手术拔除病甲手指甲和脚趾甲的生长速度是不同的，灰指甲因为指甲受到细菌破坏变厚变样，这导致生长速度比正常指甲更慢，一天生长大概0.07毫米左右，一个月生长0.07*30=2.1毫米左右。四个月2.1*4=0.84厘米。所以一般情况下灰指甲需四个月左右才能长成一个完整甲。如果指甲破坏严重需要的时间会更久些，脚趾甲比手指甲生长慢一倍左右，那时间也增加一倍，这是无法改变的自然生长规则。但每个人情况不同指甲生长也不同，不能一概而论。
外科手术拔甲适于单发的灰指甲，可在局部麻醉下进行，或先用溶甲剂把病甲包扎3天，然后再拔除由于甲的生长是从根部开始的，坏甲消除了新甲就可正常地生长但此法痛苦较大，不易接受
局部涂药痛苦小，但比较费时费力，优点是比较经济简便易行方法是每日用刀先将病甲刮薄，外涂30%冰醋酸，每日1～2次，直至治愈为止，约需3～6个月以上涂药时应注意保护甲周的皮肤
内服抗真菌药物适于多个指(趾)甲同时患病者，此法在临床上早有应用，如灰黄霉素及酮康唑吸取均有一定疗效，但因其毒副作用大而不能推广随着医学的发展，新药不断出现，不仅疗效提高了，而且副作用也大大减少了现在有一种伊曲康唑是新一代抗真菌药，可用于各类真菌感染，尤其适于治疗甲真菌病具体方法是每月一周冲击治疗，即每次2粒，每日两次，餐后即服，连服1周，停药3周为一个冲击疗程手指甲需两个冲击疗程，脚趾甲需3 个冲击疗程此法疗效好，副作用小，但花费相对较高，而且部分患者停药后仍可复发。
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