应该在抗生素治疗前留取尿液标本做尿液分析和尿培养。对于有UTI迹象的发热儿童，应该尽早开始抗生素治疗，以根除感染、预防菌血症、改善临床结果、减少急性期肾损害的可能性和肾瘢痕的风险。如若患儿有发热性UTI却没有以前的正常US检查，应根据临床情况在24小时内进行泌尿系统US检查以排除梗阻性肾病。
无症状细菌尿
如ABU不伴有白细胞尿，应该避免抗生素治疗，除非UTI引起了并发症或是患者打算手术治疗。瑞典的一项筛查研究通过SPA检测发现，0.9％<1岁的男孩和2.5％的女孩患有ABU。在接近检测的时间里，这些婴儿中各有一名男婴和女婴出现了肾盂肾炎症状;而其他人仍然没有症状。女孩和男孩细菌尿持续的平均时间分别是2个月和1.5个月。因此，无论采用何种方法收集尿液，都不建议为了治疗对ABU进行筛查。
3月龄儿童的膀胱炎
尽管对于这些儿童＞1-2天的治疗似乎存在优势，但是这种情况下关于抗生素疗程的数据是有争议的。因此，对于非复杂性膀胱炎患者，口服治疗至少需要3-4天。
发热儿童：给药途径
当选择口服或肠外治疗时，需要考虑这些因素：患者年龄；临床可疑的尿脓毒症；病情严重性；拒绝液体、食物、和/或口服给药；呕吐；腹泻；不依从性；以及复杂的发热性 UTI（例如上尿路扩张）。新生儿和＜2个月龄婴儿的尿脓毒症和严重肾盂肾炎发生率增加，因此推荐进行肠外抗生素治疗。
这样的病例可能发生严重的电解质失调。而这种威胁生命的低钠血症和高钾血症是源于假醛固酮减少症。联合氨苄青霉素和氨基糖苷类（例如妥布霉素或庆大霉素）或一种三代头孢菌素治疗都可以获得非常好的疗效。每日单剂量的氨基糖苷类与一日两次的同样安全、有效。
各国尿路致病性大肠杆菌的抗生素耐药发生率明显不同，其中伊朗和越南耐药率高。即将到来的一项研究报告了由产超广谱β- 内酰胺酶（ESBL）大肠杆菌引起的儿童 UTI。一项土耳其研究显示，49％＜1 岁和 38％＞1 岁的儿童携带有产ESBL细菌。其中，83％ 对甲氧苄啶 / 磺胺甲恶唑耐药，18％ 对呋喃妥因耐药，47％ 对喹诺酮类耐药，而 40％ 对氨基糖苷类耐药。幸运的是，对于儿童似乎这些结果与非产 ESBL 细菌是相似的。然而，一项研究却认为最初经验性的静脉抗生素治疗是不合适的。药物的选择还要基于局部抗菌素的敏感性类型，并且后来还要根据孤立的尿路病原体敏感性检测再做调整。不是所有现有的抗生素都得到国家卫生部门批准用于治疗儿童人群，尤其是婴儿。
发热性尿路感染的疗程
肠外用药的疗程仍然存在争议。指南专家组的共识以及AAP的建议是这样的：肠外抗生素治疗应该一直用到患儿没有发热的时候，此后应该继续口服抗生素治疗7-14天。
如果在婴儿后选择门诊治疗，需确保充分的监测和医疗监督，必要时调整治疗。在治疗的初期，医生应与患儿家属保持密切联系。
对于大肠杆菌以外的尿路病原体引起的复杂性 UTI，推荐运用肠外广谱抗生素治疗。对于梗阻性肾病，需要根据临床状态和/或对抗生素治疗的反应进行暂时的尿流改道。
