因为新生儿对乙肝病毒无免疫力，而且免疫功能尚不健全，一旦感染了乙肝病毒，则成为乙肝病毒表面携带者，小于1岁婴儿感染乙肝病毒后，将有90%以上的人会变成慢性乙肝病毒表面抗原携带者。
省疾控中心在调查带有乙肝病毒表面抗原阳性、e抗原阳性母亲所生的婴儿，24小时内接种乙肝疫苗者，96%以上都能达到阻断母婴传播。但是在24小时之后接种者仅80%能阻断，也就是在出生24小时以后接种乙肝疫苗的婴儿不能阻断乙肝母婴传播的风险，比24小时内接种者高5倍。因此，新生儿出生24小时内接种乙肝疫苗，越早接种效果越好。这不但是我们国家的乙肝免疫策略，也是世界卫生组织的免疫策略。
目前浙江使用的乙型肝炎疫苗属于基因工程疫苗，制备技术是安全、成熟的，严重异常反应发生率非常低。除统一疫苗采供、创建规范化预防接种门诊和培训预防接种人员，浙江2005年开始建立接种疑似预防接种异常反应监测系统，目前该监测系统已经全面覆盖全省所有的市和县。
世界卫生组织在其他国家对乙肝疫苗的接种除了过敏以外基本没有禁忌症，但是我国从安全角度考虑，将有急性疾病或者严重的慢性疾病，或者慢性疾病急性发作或者发热时作为乙肝疫苗接种的禁忌症。在接种疫苗前，家长需配合接种人员，做好对新生儿健康状况的问诊和一般健康检查，提供新生儿的健康状况，包括出生时是否足月顺产、出生体重多少，新生儿出生评分情况，有无先天性出生缺陷，是否现患某种疾病等等，以便接种人员正确掌握疫苗接种的禁忌证，并决定是否接种疫苗。
乙肝疫苗接种后可能会出现轻微一般反应，如在接种部位出现疼痛和触痛，多数情况下2-3天内可自行消失;出现一过性发热、红肿疼痛等，一般持续1-2天后可自行缓解;接种部位硬结一般则在1-2月内可自行吸收。极为罕见的过敏性休克一般在接种后1小时内发生。
