一、经血逆流，内膜种植。月经期，经血从宫口、阴道排出人体外是顺流而下，但是有小部分经血或因其他原因夹杂着脱落的子宫内膜碎片，由输卵管道流进入腹腔，种植在盆腔脏器的表层形成子宫内膜异位病灶，这是子宫内膜异位症的形成主要原因。
二、浆膜上皮，化生内膜。人体在胚胎发育时期，卵巢表面上皮、腹膜、阴道直肠膈、脐部均由体腔上皮化生而来，这些组织在性腺激素、炎症、机械因素的刺激下能够转化，形成另一种组织，同样可以化生为子宫内膜，因为不在宫腔，就成了异位的内膜。
三、血液淋巴，良性转移。这是一种较为罕见的发病原因。出现在肺部、脑膜、心包、四肢及其他远端的子宫内膜异位症，是通过血液循环或淋巴系统将子宫内膜碎屑转移停留在某脏器或组织上而发病。
