1、男子本身的内分泌功能低下，即体内某些相关激素的分泌不平衡，从而造成畸形率增高。而这些性激素的分泌功能，又受到体内“下丘脑--垂体--性腺轴”的控制，当男子内分泌功能紊乱时，即影响到“下丘脑--垂体--性腺轴”的功能的发挥，从而影响到精子的发育过程，导致精子的畸形。
2、男子泌尿与生殖系统的某些感染，也是造成畸形精子症的重要原因之一。有人在实验室观察到，有细菌感染的精液标本中，正常形态的精子百分比降低。也有人在光镜及扫描电镜观察到，通常可导致尿道炎的支原体存在的情况下，正常形态的精子数减少，而畸形精子，如尖头精子、卷尾精子或尾部带绒毛状的异常精子数明显增多 。
3、较新的研究发现，吸烟者可使畸形精子发生率显著增高。每日抽烟超过30支者，其畸形精子发生率更高;吸烟时间越长，畸形精子也越多。吸烟甚至可影响胎儿的产前死亡率和致畸率。
4、酗酒也是常见的造成精子畸形的原因之一。酗酒产生的酒精中毒可能损伤精子，造成精子畸形率增高，同时还可造成性欲冷漠、阳痿、早泄等性功能的异常。酗酒引还会影响胎儿在子宫内的发育，有时还会生出畸形怪胎或低能儿。
5、男性的生殖器官，如睾丸、附睾以及精囊腺如果受到了放射线的照射，也可能引起精子发生变异。精细胞的突变与照射强度和照射的时间都有关系。
