1.在机体没有产生祖国的保护行抗体前不幸感染了乙肝病毒。注射乙肝疫苗后需要一定的时间才能产生足够量的保护性抗体。一般情况下，在接种乙肝疫苗后感染的乙肝，多半是因为完成全程注射长达半年的时间里，机体尚未产生抗体或产生抗体的水平较低，这时不幸感染了乙肝病毒;还有的人是未能按时完成全程免疫，即接种完三针，没有产生保护性抗体而感染乙肝病毒。也有少数人虽然完成了全程免疫，但由于免疫失败，也可感染乙肝病毒，但这种情况比较少见。
2.接种前已经被乙肝病毒感染。有的人由于在接种乙肝疫苗前没有进行乙肝病毒学检测，可能在接种前已经被乙肝病毒感染，当接种完乙肝疫苗后，发现hbsag阳性，误以为是由于接种疫苗导致的;还有的人注视前虽然进行了乙肝病毒学检查，并且结果正常，但这也不能完全排除接种前已经感染了乙肝病毒的可能。因为如果检查时正好处于病毒感染的潜伏期，大约半年左右，则检查结果也可能出现“阴性”。
