酱油的主要原料是大豆，大豆及其制品因富含硒等矿物质而有防癌的效果。但值得注意的是，酱油在生产、贮存、运输、销售的过程中，常因卫生条件不良而受污染，甚至带有引发肠道传染病的致病菌，散装酱油的问题会更明显。
伤寒杆菌可以在酱油中存活两天，嗜盐菌可以在酱油中长期生存。在混浊、有沉淀、有杂质的酱油中，细菌数会高于标准百倍以上，这样的酱油如果不加热消毒就直接食用，就有可能致病。
另外，研究人员还从酱油中发现过致癌物质。台湾的流行病学专家调查发现，酱油的消耗量与肝癌直接相关。这是因为酱油在发酵的过程中，蛋白质腐败分解，产生大量的胺类物质，在亚硝酸存在的情况下，会合成致癌性的亚硝胺。
而一些生产工艺差的厂家所生产的酱油极易受到霉菌的污染。因此，从预防疾病的角度来说，除了购买质量信得过的瓶装酱油、不买散装酱油外，还应注意吃酱油尽量熟吃，不生吃。
