手足口病是由比较常见的肠道病毒中柯萨奇病毒引起的。肠道病毒中常见的是一种叫柯萨奇病毒A16型的肠道病毒，此外柯萨奇病毒 A的其他株或肠道病毒71型也可引起手足口病。因为这种病毒主要是通过饮食，饮水，食用水果等经口进入到人体内，并在肠道内繁殖。所以其感染部位主要是消化道，咽部还有口腔。
手足口病主要发生免疫能力低下的儿童里，但成年人也有可能得病，因此可以说每个人都是易感的。感染后只获得该型别病毒的免疫力，对其它型别病毒再感染无交叉免疫，即患手足口病后还可能因感染其它型别病毒而再次患手足口病。
手足口病主要表现在皮肤和口腔上，所以空腔损伤和一些皮肤丘疹是手足口病的主要特征性病变。但病毒还会可能侵犯人体重要器官。所以在手足口病流行的时候一定要加强对患者的临床监测。手足口病患者还很容易发生心肌炎、无菌性脑膜炎、身体偶尔发生非特异性红丘疹等。
