1.胃腸X線鋇劑造影 可根據鋇劑在胃腸道內運行的情況，瞭解結腸的運動功能狀態，區分張力減退性便秘和痙攣性便秘，並可及時發現器質性病變，如先天性巨結腸、腫瘤、結核等。
2.直腸鏡、乙狀結腸鏡及纖維結腸鏡檢查 這幾種檢查可直接瞭解腸黏膜狀態。由於便秘，糞便的滯留和刺激，結腸黏膜特別是直腸黏膜常有不同程度的炎症性改變，表現為充血、水腫、血管走向模糊不清。此外，在痙攣性便秘可見到腸管的攣縮性收縮，腸腔變窄。
3.肛管直腸測壓術 肛管直腸測壓術是兒科常用的一種瞭解直腸肛門功能障礙的技術。遇有嚴重便秘的患兒可用測壓術確定直腸擴張時的阻力、肛管的靜息緊張度、肛門隨意肌收縮的強度以及病兒對直腸擴張的自我感覺，並可對肛門括約肌反射做出評價。注意必須由有經驗的人員來操作，以免對結果判斷錯誤。根據Karen對慢性便秘患兒的肛門直腸和遠端結腸動力學研究，幾乎全部病例都有功能異常。
4.肌電圖 對盆底肌和肛外括約肌進行肌電圖觀察是評價慢性便秘的有用方法。正常人休息時盆底橫紋肌的張力維持緊張狀態。應用體表皮膚電極探測，全部正常小兒排便時肛外括約肌張力下降，而便秘患兒僅42%有恥骨直腸肌或肛外括約肌出現肌電活動下降。
5.X線排糞造影 近年來由於排糞造影(defecography)檢查法的臨床應用，可對肛門括約肌和肛門直腸作靜態及動態觀察，並可快速攝片(每秒2～4張)，連續觀察排糞動作全過程。發現有些便秘是由於出口有不同程度的梗阻，如直腸套疊、直腸前突、盆底肌痙攣綜合徵等。這些梗阻都是臨床及內鏡檢查難以發現的，實際上不屬於習慣性便秘的範疇。
