1.血象 血白細胞計數多正常，重症患者可升高。血沉多增快。
2.病原學檢查 是確診本病的可靠方法。臨床診斷不常用。
(1)直接塗片：塗片後用Giemsa或免疫熒光單克隆抗體染色，檢測肺炎衣原體包涵體及原體，方法簡便，但陽性率低。
(2)組織培養法：雞胚卵黃囊接種因檢出陽性率低已少用。可用細胞培養法，取咽拭子或採集下呼吸道標本，用HEP-2細胞(喉癌細胞)或Hela229細胞培養24 h，再用肺炎衣原體特異性單克隆抗體染色，檢測特異性包涵體。方法較繁雜，且較其他衣原體檢出率低。
3.免疫學檢查 是常用的診斷方法。
(1)直接免疫熒光法：用肺炎衣原體單克隆抗體染色，直接免疫熒光法檢測肺炎衣原體抗原，方法特異敏感且快速簡便。
(2)微量免疫熒光(MIF)法：檢測肺炎衣原體抗體，特異性IgM滴度≥1∶16和(或)IgG≥l∶512或雙份血清滴度4倍以上升高者，均可診斷急性感染。如IgM≤1∶16或IgG≤1∶512，則為既往感染。本方法特異性敏感性均較高，且可用於區分原發感染和再感染，是目前最常用且最敏感的血清學方法。但要排除血循環中類風溼因子的影響。
(3)補體結合抗體檢測：滴度≥l∶64和(或)雙份血清滴度4倍以上升高者，均可診斷急性感染，但不能用於早期診斷，亦不能區分為哪種衣原體感染。
4.PCR法 檢測肺炎衣原體DNA，敏感性更高，且可和其他種衣原體區分，其特異性敏感性高於其他方法。據統計，PCR法檢出率為50%～55%，而直接免疫熒光法及塗片法分別為24%～27%和6%～10%。用連接聚合酶鏈反應(LCR)檢測，可進一步提高靈敏性及檢出率，但尚未在臨床應用。據報告，PCR-EIA 法是一種快速、簡便的酶免疫測定法，能提高PCR對肺炎衣原體DNA的擴增檢測效率，優於PCR法，更優於培養法。
