扁桃體是咽部最大的淋巴組織。在兒童時期，它是個活躍的免疫器官，含有各個發育階段的淋巴細胞，如T細胞、B細胞、吞噬細胞等。所以它既具有體液免疫作用，產生各種免疫球蛋白，也有一定的細胞免疫作用。扁桃體產生的免疫球蛋白IgA免疫力很強，可抑制細菌對呼吸道黏膜的粘附，並可抑制細菌的生長和擴散，對病毒也有中和與抑制作用。IgA還可通過補體的活化，增強吞噬細胞的功能。這些在兩歲至五歲時表現最為活躍。
從免疫的觀點來看，由於其對身體的免疫作用，不應隨便將扁桃體摘除。兒童扁桃體肥大是正常生理現象，如果肥大但未影響呼吸和吞嚥，沒有產生較重的臨床表現，不應摘除。因為切除後可能會影響局部的免疫反應，降低身體抗感染的能力。如果扁桃體炎反覆發作，妨礙呼吸和吞嚥，引起風溼及腎炎等疾病時，應及時切除。一般兒童扁桃體切除術應在四歲以後進行，而且要等炎症消退後兩週至三週切除比較適宜。但若發作過於頻繁，不能久等，可考慮在發作消退後數天施行手術。
