孩子發病的初期症狀是發熱多發生在皮疹之前，熱程為2至7天不等，體溫越高，熱程越長，病情越重，伴有嘴角痛、咽喉痛、流口水、不愛吃東西，1至2天后，出現散在分佈的皮疹，好發部位為手心、足心、口腔黏膜、肛周，少數患兒波及四肢及臀部，軀幹部極少。潛伏期通常3至4天，可自愈。但是易於傳播，口腔內的皰疹破了之後引起潰瘍，疼痛難忍，影響孩子的食慾，如不及時治療可併發腦炎、肺炎、心肌炎，引發重要器官損害。
小兒手足口病因為與幾種常見病上呼吸道感染、水痘等很相像，不好鑑別，所以家長和老師應注意觀察。
1.水痘：呈向心性分佈，以頭、面、胸、背為主，隨後向四肢蔓延。
2.皰疹性咽頰炎：雖有發熱，咽部起皰疹，但水皰如針眼大小，以咽頰、軟顎、扁桃體多見，發熱常在38℃以上，其他部位不出現皰疹。
3.單純皰疹：多分佈在頰黏膜、舌及牙齦，繼發感染常見於口唇、眼瞼、鼻周，為粟粒狀水皰，沒有其他部位的皮損。
如果小孩出現上述症狀的時候，基本上能辨別是不是手足口病了，才能對症下藥。
