卵巢囊腫在臨床上多表現有小腹疼痛，小腹不適，白帶增多，白帶色黃，白帶異味，月經失常，而且通常小腹內有一個堅實而無痛的腫快，有時性交會發生疼痛。卵巢囊腫的危害大致是當囊腫影響激素生產時，可能出現諸如陰道不規則出血或毛體增多等症狀，囊腫而發生扭轉，則有嚴重腹痛腹帳、呼吸困難、食慾降低、噁心及發熱等。
卵巢囊腫最大的危害就是它可能會導致不孕、扭轉、或是潰破、造成腹膜炎，給女性的健康帶來很大威脅。還會引起以下問題：
卵巢囊腫的危害之一就是腹痛：如腫瘤無併發症，極少疼痛。因此，卵巢瘤患者感覺腹痛，尤其突然發生者，多系瘤蒂發生扭轉，偶或為腫瘤破裂、出血或感染所致。此外，惡性囊腫多引起腹痛、腿痛，疼痛往往使患者以急症就診。
卵巢囊腫的危害之二會導致月經紊亂：有的子宮出血並不屬於內分泌性，或因卵巢瘤使盆腔的血管分佈改變，引起子宮內膜充血而起;或由於卵巢惡性腫瘤直接轉移至子宮內膜所致。因內分泌性腫瘤所發生的月經紊亂常合併其他分泌影響。
而功能性囊腫、皮狀囊腫、漿液狀囊腫和粘液狀囊腫一般沒有甚麼症狀。萬一囊腫變大，便可能使病人的下腹或背部隱隱作痛或感到腫脹。囊腫亦可能擠壓膀胱造成頻尿或小便困難。囊腫甚至極有可能演變成合並症、感染、變得扭曲、出血或爆裂。這些病狀都也許誘發反胃、嘔吐、發燒和腹部劇痛，必須即刻動手術把囊腫切除。這一類囊腫偶爾亦會變。
