接種本疫苗後，反應輕微，一般無嚴重的局部反應和全身反應。個別兒童接種後，局部出現紅暈、輕微疼痛1—2天;全身反應有低熱，1%—4%的受種者可出現超過38.5℃的發熱;偶有過敏反應。大多數接種者在接種後10—24小時出現，一般1 —2天自行恢復，必要時可對症治療。
流腦疫苗不是對每個孩子都有副作用，如果有，一般都是低燒，極少數為高燒。一般孩子在打針後48小時發熱到達高峰，以後逐步恢復正常，如體溫居高不降，應速去醫院請醫生診治。另外，患有發燒的兒童在通常情況下是不能注射這種疫苗的。接種流腦疫苗後的反應比較輕微，偶爾有人出現短暫低熱，有些大孩子偶爾出現過敏反應，即在接種後的十幾個小時皮膚出現皰疹等，此時應請醫生診治。注射局部可能出現紅暈和壓痛，但通常在24小時內消退，不用特殊處理。發燒時不能用退燒藥，只能用物理降溫的辦法(即用冰袋、涼毛巾降溫)。
