緊急避孕藥的藥劑量是常規避孕藥的十多倍，是有一定的危害的。一般停藥以後三個月會逐漸消失。
但同時可能會產生以下副作用：
1、噁心：服用緊急避孕藥後，噁心的症狀一般持續不超過24小時。
2、嘔吐：與食物同時服用或睡覺前服藥可以減少噁心、嘔吐的發生率。如果在口服緊急避孕藥後1小時內嘔吐，應該儘快補服1次。
3、不規則子宮出血：有些女性用藥後會有點滴出血，一般無須處理，但要讓用藥者瞭解此種情況，做好用藥前後的諮詢、宣教。
4、月經改變：多數婦女月經會按時來潮，也有一部分婦女月經提前或延遲。如果月經延遲一週，應該做尿妊娠試驗，以明確是否是緊急避孕失敗。
5、排卵期改變：服用緊急避孕藥，會影響月經週期，女性在此之後儘量使用效率高的避孕方法，而不要再冒險使用緊急避孕藥或安全期、體外射精等不科學的避孕方法，嚴重的會導致不育。
6、其他：乳房脹痛、頭痛、頭暈、乏力等，這些症狀一般較輕微，持續時間不超過24小時。乳房脹痛、頭痛嚴重者可用阿斯匹林或其他止痛藥對症處理。
