1近年來新開發的藥物，針對各領域的感染症廣泛使用的喹諾酮類藥物，在治療衣原體方面效果較好。常見的藥物，比如洛美沙星，利福平，氧氟沙星(ofix)，環丙沙星(cpfx)治療效果也很不錯。阿齊黴素或用強力黴素是治療衣原體感染的首選藥物。複方新諾明也有明顯的效果。
2對於妊娠期患者，用藥就要加以注意，以免影響寶寶。可使用的藥物，比如紅黴素、琥乙紅黴素、阿齊黴素治療，療程要足夠，這樣才能保證療效。四環素類和喹諾酮類藥物，孕婦絕對不能使用。這些藥物治療生殖道衣原體感染的治癒率很高，一般都在90%以上。
3值得注意的是，對性伴侶的治療是治療衣原體感染的不可或缺的組成部分，對性伴侶進行治療可降低衣原體感染的複發率。此外，由於大部分的衣原體尚未出現對抗生素的明顯耐藥性，因此病人在接受治療時，不必擔心衣原體耐藥的問題。
