不管是哪種人流方式，都是人為對正常的妊娠進行終止，從而擾亂人體的內分泌平衡，引起內分泌紊亂，嚴重的還會出現閉經等。
藥物流產通常是在停經49天內進行，可是藥流容易造成出血過量，因此必須在正規的醫院進行藥流，才能保證女性生命安全。而無痛人流時間是在35-55天內，這時候的子宮不太大，手術一般不需要擴張宮頸，對身體的影響較小。
兩種人流方式對比來說，藥流是不需要手術的，所以不存在手術中引起感染的可能，而且術後感染的機會也比較少。可是藥物流產後出現時間比較長，長時間的陰道出血給細菌滋生提供了有利條件，而且藥流後宮頸內口也處於鬆弛狀態，很容易會引起細菌感染，從而引起盆腔炎。最主要的是，藥流失敗率比較高，失敗後還要進行清宮手術，進一步對身體進行傷害。
無痛人流相對來說比較安全，在現在醫學技術下，術中不僅不會讓患者感到疼痛，而且整個手術都是在可視的情況下進行，對手術的安全進行提供了有利條件，因此檢查意外懷孕的女性做人流，最好選擇做無痛人流手術。
