本病如無併發症，預後一般良好，多在一週內痊癒。主要為對症治療。
(1)首先隔離患兒，接觸者應注意消毒隔離,避免交叉感染。
(2)對症治療,做好口腔護理。口腔內皰疹及潰瘍嚴重者，用康復新液含漱或塗患處，也可將思密達調成糊狀於飯後用棉籤敷在潰瘍面上。
(3)衣服、被褥要清潔，衣著要舒適、柔軟，經常更換。
(4)剪短寶寶的指甲，必要時包裹寶寶雙手，防止抓破皮疹
(5)手足部皮疹初期可塗爐甘石洗劑，待有皰疹形成或皰疹破潰時可塗0.5%碘伏。
(6)臀部有皮疹的寶寶，應隨時清理其大小便，保持臀部清潔乾燥。
(7)可服用抗病毒藥物及清熱解毒中草藥，補充維生素B、C等。
2.合併治療
(1)密切監測病情變化,尤其是腦、肺、心等重要臟器功能;危重病人特別注意監測血壓、血氣分析、血糖及胸片。
(2)注意維持水、電解質、酸鹼平衡及對重要臟器的保護。
(3)有顱內壓增高者可給予甘露醇等脫水治療,重症病例可酌情給予甲基潑尼松龍、靜脈用丙種球蛋白等藥物。
(4)出現低氧血癥、呼吸困難等呼吸衰竭徵象者,宜及早進行機械通氣治療。
(5)維持血壓穩定，必要時適當給予血管活性藥物。
其他重症處理：如出現DIC、肺水腫、心力衰竭等，應給予相應處理。
3.抗病毒藥物
因為抗病毒藥一般在發病24小時到48小時前使用才是最佳的。而往往我們確診手足口病的時候，都已經過了最有效的治療階段，現在也不提倡用抗病毒的藥物。
