一、引起其他泌尿系統疾病：患者一旦得病，細菌常隱伏於尿道內，尤其為後尿道並進入尿道隱窩，尿道旁腺，尿道球部，前列腺及精囊部，也可侵入輸精管，附睪及睪丸，引起一系列併發症，如膀胱炎、前列腺炎。急性尿道炎處理不當，甚至併發尿道旁膿腫，膿腫破潰可穿透陰莖皮膚成為尿道瘻。
二、可導致男性不育：尿道炎可以引起男性不育的原因主要是因為炎症引起尿道狹窄和尿道口的梗阻，如波及輸精管、附睪等時，可導致纖維組織增生、變形、瘢痕形成，造成輸精管道阻塞;併發附睪、精囊、前列腺等炎症時，可影響精液質量，使精子成活率及活動力下降。
