患者感染風疹後，風疹病毒首先在上呼吸道粘膜及頸淋巴結生長增殖，然後進入血循環引起病毒血症，播散至全身淋巴組織引起淋巴結腫大，病毒直接損害血管內皮細胞發生皮疹。目前多認為皮疹是由於風疹病毒引起的抗原抗體複合物造成真皮上層的毛細血管炎症所致。本病病情比較輕，病理發現不多，皮膚和淋巴結呈急性、慢性非特異性炎症。風疹病毒可引起腦炎、腦組織水腫，非特異性血管周圍浸潤、神經細胞變性及輕度腦膜反應，也可感染地數十年後由於慢性持續性病變而導致慢性全腦炎。
先天性風疹的發病原理還不太清楚，已知孕婦感染風疹後，風疹病毒可於病毒血症階段隨血流感染胎盤最後感染胎兒。胎盤絨毛膜被感染後有較持久的小血管和毛細血管壁廣泛受累的現象。母親越在孕齡早期被感染風疹，胎兒被感染的機會越多，孕齡第1個月時，10%～30%，第3個月時 5%～20%，第4個月時1%～5%，以後仍可能有少數胎兒被感染。由於胎兒、特別被風疹病毒感染後的胎兒更缺乏細胞免疫功能及不產生干擾素等事實，因此使風疹病毒在體內長期廣泛存在，並隨胎兒細胞分裂增生時病毒又侵入下一代細胞，不斷增殖傳代，因此形成持續地、多器官的全身感染，並由此產生多樣的先天性缺陷症狀，故稱為先天性風疹綜合徵。最多見的症狀有白內障、神經性耳聾、先天性心臟病、腦膜腦炎、心肌壞死、間質肺炎、鉅細胞肝炎、腎炎、尿道下裂等。此類新生兒出生後持續排病毒數月甚至數年。也有不少生未出現明顯症狀，但經血清學檢查證明胎內時已被風疹病毒感染。
