先兆流產的原因有很多，最主要原因是遺傳因素造成的胚胎異常。因此引起的流產，其實可說是一件好事。因為不正常的胎兒，如果真的足月產下，也會有畸形或異常。
其他原因如臍帶供氧不足、羊水疾病、胎盤病毒感染以及某些婦科炎症等，也會引起流產。孕婦營養不良，也是流產的原因之一。有的孕婦早期有嚴重的妊娠噁心、劇吐，以致極度營養饋乏，對胚胎的發育有很大的影響，也容易發生流產。
另外，女性懷孕後，若情緒不穩定、憤怒、憂傷等精神刺激，擾亂了大腦皮層的活動功能，引起子宮的收縮而迫出胚胎，或使胚胎在子宮內死亡。患了流感、風疹等急性傳染病，會由於高燒、細菌病毒釋放的毒素而致流產。內分泌失調，如黃體、腦垂體、甲狀腺的功能失調，以及子宮發育不良中子宮過度後屈，致使子宮腔對胚胎的發育起了阻礙作用，都可能引起流產。
其他方面：整個妊娠期間的性生活應持謹慎態度，不恰當的性生活尤其是在早孕早期易引起流產。在妊娠中期，性生活也應適度，避免壓迫孕婦腹部的性交體位和粗暴性交，以免引起流產。
圍產期間做婦科檢查時，若手法粗暴，亦是易引起流產的原因之一，這一點尤其對體質虛弱的孕婦更要注意。藥物與某些化學物質，如奎寧、一氧化碳、鋁、磷、汞、苯中毒，亦常使胚胎難保。
