除了淋球菌以外，由其他病原體引起的尿道炎統稱為非淋菌性尿道炎(nongonococcal urethritis，NGU. 或稱，非特異性泌尿生殖系統感染)。它是當今國內、國外最常見的性傳播疾病之一，也可能與淋病併發或交叉感染。目前，通常被稱為非淋菌性尿道炎的是指衣原體(佔40%-50%)、支原體(佔20%-30%)及一些尚不明致病病原體(佔10 20%，如陰道毛滴蟲，白色念珠茵和單純疤疹病毒)的尿道炎。這類尿道炎中，已知其病原體的，則稱為真菌性尿道炎和滴蟲性尿道炎等，而不再包括在非淋菌性或非特異性尿道炎之內。
其主要病原體是沙眼衣原體和解脲支原體。前者佔40%-60%，後者佔20%-40%。
衣原體為革蘭氏陰性病原體，是一種細胞內微生物，沒有合成高能化合物ATP、GTP的能力，必須由宿主細胞提供，因而成為能量寄生物。以目前常用的培養方法，尿道分泌物可培養出衣原體。女性病人因多數無症狀或僅表現為白帶增多等婦科症狀，難以確定其發病率，有人估計女性病人可能為男性的4倍。
支原體是目前所能發現的能在無生命培養基中生長繁殖的最小的微生物。現已從人類泌尿生殖道分離出來7種支原體，其中分離率較高而與泌尿生殖道疾病有關，是解脲支原體，其次是人型支原體。人型支原體(M.humenis，MH)、解脲支原體(Ureaplasma urealyticum，UU)和生殖器支原體(M.genitalium，MG)都會引起泌尿生殖道感染。嬰兒或無性交接觸的女性生殖道內找不到解脲支原體。而性生活越亂，這種支原體陽性率也越高。Mc Donald 1982年報告587例急性尿道炎症狀病人中，209例(36%)中段尿中分離出解脲支原體。
