緊急避孕藥的主要作用是為了抑制排卵、阻止受精;也就是阻止受精卵在子宮內膜著床。只要受精卵不再宮腔膜上著床，那麼就不會受孕，而是直接排除體外。而緊急避孕藥恰恰是單純的孕激素，可起到抑制、延遲排卵和抑制子宮內膜的作用，因此會使女性的月經週期延期。數據表明，有10%左右的女性會出現月經延期，一般這個屬於正常範圍，但是超過預期下次月經時間7天，應做尿妊娠試驗;如兩週後仍未來月經，應及時去正規醫院就診。
另外，由於個體差異的不同，服用緊急避孕藥反應也有所不同。少數女性在服用緊急避孕藥後，短時間內會有陰道出血發生，如其出血量與平時月經量差不多，可將其當作一次月經，出血乾淨後應立即採取常規避孕方法。
緊急避孕藥對卵巢的危害：
由於緊急避孕藥的藥劑量是常規避孕藥的十多倍，就是採用大劑量的藥物來干擾卵巢的功能，控制排卵，產生一個比較好的避孕效果。因此，對女性的卵巢功能、肝腎的代謝等系統產生危害，這種危害有時甚至很難估量。
緊急避孕藥對生育的影響：
緊急避孕藥只能偶爾服用一次，雖然現在還沒有具體數據和相關研究直接表明緊急避孕失敗而妊娠者，新生兒畸形發生率會升高，但可以肯定的是，它會導致女性月經紊亂，這實際上已經間接地影響了以後的正常懷孕。
