棉籤的種類很多，有無塵擦拭棒，潔淨棉籤，醫用棉籤，即時塗棉籤。
無塵擦拭棒與棉籤有著本質區別，棉籤頭材質是棉花，無法進行無塵洗滌處理，且在擦拭的過程中，有可能被刮擦掉屑。而無塵擦拭棒，頭的材質分為海綿頭和布頭兩種，都是經過無塵處理且在無塵室內淨化包裝，所以高等級的無塵環境，所用的擦拭耗材必定要達到百級以上，那只有擦拭布和擦拭棒才可以符合要求，而擦拭紙和棉籤，只可以用在普通環境下進行產品擦拭了。
潔淨棉籤是精確潔淨擦拭應用的唯一選擇，可在生產過程的特殊環境中(擦拭布無法擦拭)消除汙染物和保持清潔。擦拭後化學殘留物含量低。可燃，易處理，對環境無害環保。大部分的清潔棉籤是導電級的，可保持操作者和工具接地。適用10級淨化車間，包裝各有不同。
醫用棉籤適用於皮膚或外傷的清洗和消毒。
日用棉籤 即時塗棉籤，包括棉籤棒以及固定在該棉籤棒一端的棉花頭，所述的棉籤棒為空心棒，其內部貯存藥水，所述的空心棒固定棉花頭的一端設有用於封住藥水的油封，其另一端設有端封。與現有技術相比，採用了空心棒貯存藥水的結構，使得棉籤本身就帶有藥水，即開即用，方便快捷。它適合作為醫院、家庭、學校、賓館的必備衛生用品，也非常適合在旅遊時使用。
