1、有腹痛者須與闌尾炎鑑別。上呼吸感染的腹痛多為臍周陣發性腹痛，程度較輕;闌尾炎的腹痛常限於右下腹，呈持續性，有肌緊張及固定壓痛點，白細胞總數升高。
2、與尿敏性鼻炎鑑別。嬰幼兒尿路感染多無典型症狀，患兒主要表現為反覆發熱、腹痛、腹瀉、嘔吐、遺尿等症狀。局部症狀輕微如不查尿液往往易誤診斷上呼吸道感染及小兒腹瀉等。
3、急性傳染病。上呼吸道感染應與麻疹、百日咳、猩紅熱、流行性感冒、脊髓前角灰質炎等急性傳染病早期症狀作鑑別。
4、有消化道症狀者須與胃腸疾病作鑑別。嬰幼兒上呼吸道感染，往往有消化道症狀如嘔吐、腹痛、腹瀉等往往誤診為“原發性胃腸病”，須詳細瞭解病史及查體以便進行適當治療。
5、與過敏性鼻炎鑑別。有些“上呼吸道感染”患兒全身症狀不重，常有噴嚏、流清水鼻涕、鼻粘膜蒼白，應考慮過敏性鼻炎、鼻拭子塗片如嗜伊紅細胞增多，可助診斷。此病多見於學齡前及學齡兒童。
6、有高熱驚厥者須與中樞性神經系統感染鑑別。上呼吸道感染髮生驚厥者，發作後神志清醒，一般只發作1-2次，多發生於高熱的第1日，隨體溫下降，驚厥亦停止，缺乏神經系統體徵，全身情況較佳，必要時可作腰椎穿剌，進行腦脊液檢查以資區別。
