目前治療乙肝的難點就是如何刺激免疫系統，打破免疫耐受，讓機體免疫系統清除病毒，據目前研究確實還沒有一種藥物可以直接殺滅乙肝病毒，之所以說乙肝小三陽能轉陰並不是藥物直接起的起得作用，而是自身的免疫系統可以清除乙肝病毒。
乙肝小三陽只能反映體內病毒的存在狀態，而不能反映肝損傷的嚴重程度和病毒複製的水平高低。專家指出,如果小三陽患者乙肝病毒高水平復制,且伴有肝功能不正常,將更有可能發展為肝硬化、肝癌,危害更大此種情況下，乙肝小三陽治療方法上採取免疫療法與抗病毒藥物相結合，促使乙肝病毒dna轉陰，肝功能恢復正常，保肝、抗纖維化，阻止肝硬化為治療原則。
乙肝“小三陽”不管甚麼形式存在，對人體健康都是一種潛在的威脅，及時徹底地清除乙肝病毒是不容置疑。乙肝小三陽通常是由“大三陽”轉變而來，往往可能出現dna假陽性，即乙肝病毒的悄悄變異，變成目前無法認識和檢測到的形態，使肝臟在不知不覺中纖維化和硬化或者癌變，所以，乙肝小三陽患者治療的同時也要需要定期複查。
乙肝小三陽患者治療的同時應保持良好的心態，消除思想負擔，會有益於病情改善.暢情致，調飲食，慎起居，標本同治才能更好地調動機體的主觀能動性，提高自身免疫功能，使肝臟得以更好的康復，所以乙肝小三陽患者要正確面對疾病，進行規範化治療，一定程度上對疾病的康復是極為重要的。
