逍遙丸的副作用目前尚不明確，短期服用難以見到效果。一般來說中成藥的副作用比較小，對脾胃的傷害相對小一些。在規定的藥量下是安全放心的，建議只在月經不順的時候吃，月經來了後不要吃。同時要注意，是藥三分毒，最好的調節月經不順的方法應該是調理飲食和調整心情。
即使逍遙丸對女性身體調養的功效較大，但也要注意以下的幾點。
1. 逍遙丸屬於紅色OTC(即甲類非處方藥，可從藥房或藥店直接購買;綠色OTC是乙類處方藥，較甲類更安全)，最好能在醫生或藥師的指導下服用。
2. 逍遙丸是舒肝解鬱，養血健脾的，對肝鬱血虛，脾不健運者，其證見脅痛乳脹，神疲乏力，月經不調，脈弦大而虛的患者可服用。若沒有上述情況的則不要亂用，否則會容易引起內分泌失調。
3. 逍遙丸不可長期不間斷服用。甚麼藥都有治療界限和週期，沒有長時間吃藥的道理，長時間吃藥會養成藥物依賴，更會導致不良反應或者副作用。
