乙腦疫苗包括乙腦減毒活疫苗和乙腦滅活疫苗2種，注射乙腦疫苗後，一般乙腦滅活疫苗的保護率為60%～90%。乙腦減毒活疫苗一次注射後中和抗體陽轉率可達80%以上，第二年加強後可達90%以上。一般注射乙腦疫苗就是注射乙腦減毒活疫苗和乙腦滅活疫苗這兩種疫苗。兩種疫苗的接種時間是有區別的。
1、乙腦滅活疫苗：國家免疫程序規定基礎免疫共注射兩針，出生後滿6月齡的寶寶開始接種第一針，7-10天后接種第二針，1歲半至2歲齡(18月齡至24月齡)及4歲時各加強免疫一針，6歲時再加強免疫一針。對於流行地區的寶寶，應對於6歲以下乙腦免疫史不詳或未按免疫程序全程接種的寶寶進行應急接種。
2、乙腦減毒活疫苗：1歲齡時接種第1針，2歲齡時加強免疫一針，7歲齡時再加強免疫一針。發熱、急性疾病及嚴重慢性疾病、神經系統疾病、過敏性疾病和既往對抗生素有過敏史者以及對過敏性體質的人均不可注射。
