內分泌失調的藥物治療可採用中西醫結合的方法，以中西醫結合互補為主要原則。
中醫：從中醫上來說，內分泌失調是陰虛的表現，是由氣血淤滯所造成。淤血滯留體內、脈絡受阻、外毒入侵人體、產後惡露不下等都可能會引致氣血淤滯。很多婦科常見病，其實都是由於內分泌失調所引起。因此，治療這些病症，要從調節內分泌入手，要令氣血通暢，使精血滋養全身，促進血液循環，由內而外的全面調理。根據中醫的辨證施治原則，對功能亢進者應多注意養陰治療，而對於功能減退者往往表現有氣血兩虛、腎虛等，一般是給予補血益氣，補腎等藥物進行治療，使情況得以改善。
西醫：對於內分泌失調，西醫治療的指導原則當然是調節內分泌，使之重新達至平衡。針對不同的病因、症狀及體質、嚴重程度，會有不同的應對方法。通常對激素分泌過多造成的功能亢進，以抑制、消減為原則，可以採取手術切除內分泌腫瘤，或用藥物抑制激素的分泌和合成;對激素分泌過少造成的失調，原則上是補充其不足，包括補充生理劑量激素，器官移植等。
