選擇合適的時機進行B超檢查非常重要，因為有些疾病的篩查有嚴格的時間限制。
第一次B超檢查應在3個月以內完成，最佳檢查時間為第8周，主要作用是確定孕周、是否為宮內妊娠以及檢查頸部NT厚度(僅限四維彩超)。有研究數據表明，此時期通過查頸部NT厚度，同時結合唐氏篩查，胎兒先天愚型的檢出率可高達80%以上。
第二次B超檢查時間為20-26周，此時期為排畸檢查，一般採用三維或四維彩超進行，能檢出絕大多數的胎兒畸形，如顏面部、四肢、大腦、內臟器官、心臟畸形等。
第三次B超檢查時間為30-32周，作用為補充排畸及胎兒生長髮育情況的檢查，查驗胎兒是否有生長受限、羊水及臍帶情況等。
第四、五次B超檢查分別在孕第37、39周，作用相同，均為檢查胎盤成熟度、胎兒生長髮育情況，不涉及胎兒結構檢查。此時期如果臍帶無繞頸現象，則選擇黑白B超即可，如果發生了臍帶繞頸現象，醫生會建議選用彩超來做臍動脈血流檢查。
