如果新生兒的大便次數多，黃色，有蛋花湯樣，常伴有血絲和粘液，雖然小兒未進食很多奶，但是有腥臭味，排便時哭鬧，煩躁不安，這類的腹瀉，大多數是一種致病性大腸桿菌引起的，是新生兒時期比較常見的腹瀉，需要加用消炎藥例如黃連素12毫克每日三次及用消化藥和口服補液鹽充水份。服4-5天痊癒。 在秋冬季節氣候變化多端，新生兒也和大孩子一樣容易患“秋季腹瀉”，是由一種在電子顯微鏡底下見到像輪狀的病毒引起的，表現發燒、嘔吐、咳嗽、流涕等感冒症狀，大便為水樣、稀薄、米湯樣、粘液少每次量多、無腥臭味，哭鬧、煩躁不安，治療比較困難，一般消炎藥無效，只有增強新生兒抵抗力，可以加用一些中藥，使用消化藥如表飛鳴每次一片每日三次，口服補液鹽沖水服一週左右就好了，嚴重時需到醫院治療。
有些腹瀉引起生命危險，需要及時治療。通常見到的是鼠傷寒沙門氏菌感染性腹瀉。大多是都是由於汙染食物引起的。早產兒，體重低的新生兒更多見。還可以病房，新生室流行，新生兒患了這種病以後是比較重的，而且死亡率高，家長髮現有這種病時要注意傳染性強，儘快地隔離，一般接觸3-4天后就發病，發高燒，大便呈黑綠色，粘稠，也有白色便，膠凍樣便，稀水樣便伴有明顯腥臭味，家長髮現有多樣化大便時，就要仔細觀察新生兒是否存在黃疸，腹脹。病初或輕型病人可以服用慶大黴素每次1萬單位，每日三次連服5-6天，但是如果有腹脹加重，黃疸有進展可能存在敗血症，此外，如果新生兒有尖叫，抽風，腦膜炎時，應該及時送到醫院搶救治療是可以治癒的。但遷延時間比較長有時可以長達6個月，由於患病的時間長，消化不良可以變為營養不良，尿布疹，鵝口瘡，尿道炎，肺炎，維生素缺乏，貧血等。
