內膜間質肉瘤惡性度相差很大，低度惡性內膜間質肉瘤的惡性程度低，預後較好但複發率高。儘管治療後複發率較高，但是，由於腫瘤分化好，核異型性小，分裂象少，再次手術切除復發灶仍可獲得較好療效，且腫瘤對放射線中度敏感，對孕激素治療及化療均有效，復發患者經綜合治療後仍有可能獲得長期生存。高度惡性內膜間質肉瘤易出血壞死及易復發，預後很差。
影響預後的因素：
1.病變範圍Salazar等分析文獻近900例子宮肉瘤認為Ⅰ期5年生存54%，明顯高於Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ 期的11%。Resnik認為在影響預後因素中最重要的是腫瘤浸潤範圍，最好分為限於子宮和超出子宮2個範圍。中國醫學科學院腫瘤醫院資料分析，病變侷限於子宮不論是否宮頸或子宮漿膜受侵(即Ⅰ、Ⅱ期)，其複發率和生存率無差別，Ⅰ期5年生存59.6%，Ⅱ期50%，腫瘤超出子宮侵及盆腔臟器(Ⅲ期)和上腹或遠處轉移(Ⅳ期)時5年生存分別為25%和10%(P<0.01)。中胚葉混合瘤深肌層受複發率100%，而侷限於內膜層者無復發。腫瘤浸潤內1/3 肌層5年生存75%，中1/3肌層5年生存50%。
2.病理表現 間質肉瘤中低度惡性間質肉瘤核分裂象一般<10個/10HPF，無明顯核異型性，5年生存率為90%以上。即使復發轉移亦有治癒可能。而高度惡性間質肉瘤核分裂象≥10個/10HPF，細胞異型性明顯，5年生存僅25%。
3. 治療方法 手術是治療子宮肉瘤最好方法，單純放療或化療僅起到姑息作用，療效差。手術後輔助放療可明顯減少盆腔複發率，已得到一致承認，但能否提高5年生存率，不同作者報道不同。Coppleson和Vongtama報道，術後放療較單純手術5年生存率提高10%～20%，但也有作者則認為無明顯提高。手術加化療對預防復發和轉移、提高生存有一定作用。
4.血管淋巴管侵犯 Major報道301例子宮惡性中胚葉混合瘤中，123例有血管淋巴管受侵，3年無瘤生存36%，而無血管淋巴管受浸的178例3年無瘤生存59%。但低度惡性間質肉瘤應除外，其雖有血管淋巴管內生長，但細胞分化好，異型性小，有絲分裂少，預後好。
5.其他 放射治療後發生的子宮肉瘤預後差，絕經前者好於絕經後。腹腔細胞學陽性也是預後差因素之一。
