苦杏仁甙主要存在於苦杏、苦扁桃、桃、油桃(nectarines)、枇杷、李子、蘋果、黑櫻桃等果仁和葉子中，苦杏仁皮中不含苦杏仁甙。
苦杏仁甙由龍膽二糖和苦杏仁睛組成的β-型糖苷，分子式：C20H27NO11，分子量：457.43。
其三水合物為斜方柱狀結晶，熔點200℃，無水物熔點約有20℃，[α]：20D-42℃。1g可溶於12mlH2O，900ml乙醇及11ml乙醇，易溶於沸水。
苦杏仁中苦杏仁甙的含量約3%，是甜杏仁高20~30倍，其中，皮尖部含量略高，皮中不含苦杏仁甙。生杏仁含HCN0.179%，煎煮損耗98%的氫氰酸(HCN，H-C≡N)，炒制損耗3-7%的HCN。
苦杏仁中蛋白質包括分解苦杏仁甙的酶，需要在製備過程中使其失去活性，常用焯法，方法是水沸(90-100℃)後，將苦杏仁(帶皮)放入煎煮，宜掌握時間長短要適宜(一般約5分鐘，太長則丟失原量的34.1%左右，太短則不足以使苦杏仁甙酶失去活性。)，取出後，脫皮，烘乾，再次煎煮。
苦杏仁中含脂肪酸50%，為高級潤滑油，可食用，主要是亞油酸(佔27%)、油酸(67%)、棕櫚酸(5.2%)，具有驅蟲、殺菌、潤腸和軟化皮膚角質層等作用，但製備苦杏仁甙時需要除去，出油率為44%。
