生理性囊腫(多見於生育年齡，一般小於5釐米，B超沒有分隔和強回聲光點，沒有實性和混合性回聲，CA125不高，比如黃體囊腫，濾泡囊腫等)一般多為良性，不用手術，也不用吃藥，可隨訪觀察。
如B超懷疑惡性，最好手術，排除卵巢癌。卵巢良性腫瘤通常表現為單側囊腫、活動度好、表面光滑、生長緩慢、界限清楚;惡性多為實性或囊實性，表面高低不平,血CA125增高等等。一旦懷疑惡性，必須手術，病理檢查，等到有症狀，病人出現腹脹，陰道流血等情況都是晚期了。
此外，子宮內膜異位症的病灶發生在卵巢上形成的囊腫，因其囊腫內含有暗褐色陳舊血，形似巧克力，故也稱卵巢巧克力囊腫。巧克力囊腫伴有腫瘤標記物CA125增高，不要誤以為卵巢癌。但該疾病危害性大，須及時手術切除。
